江西省科學院微生物研究所成立于1981年，2017年6月，經江西省機構編制委員會辦公室批準增掛江西省流域生態研究所?，F有微生物代謝與應用、流域生態、生物防治與檢測和環境毒理學四個重點學科團隊：重點開展工業微生物資源開發與應用、流域污染治理與生態保護、農業微生物與食品安全和新型持久性有機污染物風險與控制等方面的基礎應用研究，服務于地方社會經濟發展的科學研究機構。

全所共有職工70人，具有高級職稱27人（其中正高8人），中級職稱34人，初級職稱9人?，F有博士35人，碩士15人。柔性引進杰青（優青）等國家級人才5名。自建所以來，共承擔國家及省級重點科研攻關課題170余項，承擔完成委托開發項目60余項，獲科研成果130余項，授權國家專利80余項。獲國家自然科學三等獎1項，獲省部級科技獎一等獎2項、二等獎4項、三等獎6項，在SCI/EI等國內外學術刊物發表學術論文共640余篇。